У этого экорегиона есть несколько более или менее защищенных областей на всем протяжении территории. Самыми важными (с севера на юг) являются: чилийские Национальные парки: Laguna San Rafael, Lago Jeinimeni, Bernardo O’Higgins, Torres del Paine, Alberto De Agostini и Cabo de Hornos, и Аргентинские Национальные парки: Perito Moreno, Los Glaciares и Tierra del Fuego. В Чили есть также несколько Национальных Запасников: Lago General Carrera, Tamango, Katalalixar, Alacalufes, и два лесных запасника: Magallanes и Laguna Parrillar, и два Природных Памятника: Laguna de Los Cisnes и Los Pingüinos.
Подполярным лесам Nothofagus серьезно угрожает преобразование сред обитания под потребности человека в настоящее время. Область была затронута обширными пожарами и лесозаготовкой, особенно вокруг главных городов и в более населенных областях региона. Отмеченное увеличение населения и туризм в северной части области были произведены недавним строительством чилийского Южного Карретера, которое в настоящее время объединяет Койайке (Coihaique) до Кочране (Cochrane) и Виллы О’Хиггинса. Это привело к возникновению проблем, связанных с увеличением количества пожаров, многие из которых были также связаны с распространением и разведением рогатого скота и овец. Хотя растительность, вероятно, приспособилась к тому, что она подвергается воздействию местных животных, таких как уемул (huemul) и гуанако (guanaco), введение экзотического рогатого скота может оказать вредное влияние на стабильность экосистемы.
У развития туристической сферы на Огненной Земле могут быть далеко идущие результаты, такие как введение неродных разновидностей флоры и фауны. Введения экзотических для региона разновидностей растений и животных продолжает представлять угрозу этому экорегиону. Некоторые экзотические животные были введены преднамеренно, для того, чтобы охотиться на них, выращивать для меха или для мяса, например, европейский кролик (Oryctolagus cuniculus) и североамериканский бобер (Castor canadensis) уже распространились на большие области в южной части этого экорегиона. Бобры строят дамбы, которые оказывают непоправимое влияние на регенерацию леса и гидрологию области. Инородные растения представляют большой процент от флоры региона, особенно в открытых, тем или иным образом затронутых человеком, местах таких как в наново посаженный или сожженный лес. Приблизительно 25 % экзотических разновидностей были наиболее вероятно введены после начала европейской колонизации, и многие из них прижились и могут быть найдены на острове Огненной Земли в настоящее время. Однако последнее время начались вводится проекты жизнеспособного лесоводства в этом экорегионе.